W LEGO Marvel Super Heroes 2 głównym złym jest Kang Zdobywca, który sieje zamieszanie przez podróże w czasie. Superbohaterowe z różnych epok starają się go powstrzymać, ale nie jest to nietrudne zadanie, gdyż wróg ma do pomocy superzłoczyńców i co chwilę trafia w inne miejsce.
Zabawa opiera się na tych samych pomysłach, które widzieliśmy w innych grach LEGO stworzonych przez Traveller’s Tales. Jest to więc trójwymiarowa platformówka z mnóstwem postaci dysponujących specyficznymi zdolnościami.
podczas rozgrywki kierujemy m.in. Strażnikami Galaktyki, Spider-Manem, Thorem, Hulkiem, Doktorem Strangem, Zielonym Goblinem czy też Czarną Panterą. Walczymy z napotkanymi wrogami i rozwiązujemy proste łamigłówki, używając mocy poszczególnych herosów.
W pogoni za Kangiem Zdobywcą udajemy się m.in. Do starożytnego Egiptu, na Dziki Zachód, Planetę Hulka, a nawet do Nowego Jorku z 2099 roku....