Grzechy Kościoła to książka podejmująca niełatwe dla polskich katolików tematy, takie jak: ludyczna odmiana katolicyzmu, mieszanie się instytucji Kościoła do polityki, ruchy we wnętrzu Kościoła, Radio Maryja, brak tolerancji dla innych wyznań, bogacenie się kleru, pustoszenie kościołów, współpraca z bezpieką i inne.
Autor, Tomasz Terlikowski, doktor filozofii, wyrazisty katolicki felietonista, pokazuje równocześnie nadużycia, jak i sytuacje, w których Kościół zareagował właściwie.
Analizuje np. Wymiary takich zjawisk, jak pedofilia wśród księży czy łamanie zasad celibatu. Omawiając poczynania Ojca Dyrektora, podaje przykłady zza oceanu, z których jasno wynika, iż najsłynniejszy polski redemptorysta mógłby się jeszcze sporo nauczyć.
Próbuje adekwatnie rozłożyć akcenty i zwrócić czytelnikom uwagę na fakt, jak z łatwością jest manipulować opinią publiczną. Czasami to po prostu kwestia podjęcia decyzji, czy „szklanka jest do połowy pełna, czy do połowy pusta". Mimo że książka porusza niezwykle kontrowersyjne tematy, w sposobie ich ujęcia nie ma nic z taniej sensacji, przeciwnie – autor liczy na rozwagę i mądrość czytelnika.